Eine große Trockenheit herrschte im Jahre 1603 und brachte schwere Verluste in der Landwirtschaft und vernichtete fast den gesamten Viehbestand des Dorfes Peenemünde.
Ab 1616 gab es in Pommern die „Neue und erklärte Bauernordnung“, die ohne große Änderungen bis in das Jahr 1850 gültig blieb und den Bauernstand aller Rechte beraubte:
„Die Bauern in Pommern sind leibeigen, sie und ihre Kinder dürfen ohne die
Genehmigung des Grundherren nicht verziehen; ihre Bauerngüter sind Eigentum des Grundherrn, der sie jederzeit einziehen kann, die Bauern
dürfen ihre Höfe also nicht zerteilen, verkaufen, vererben oder belasten.Die Bauern sind der Herrschaft zu ungemessenen Diensten verpflichtet. Die
Städte dürfen keine Bauern und Bauernsöhne ohne Erlaubnis der Herrschaft als Bürger aufnehmen“.
In Pommern-Stettin wurde die neue Bauernordnung durchgesetzt. Herzog Philipp Julius lehnte jedoch 1618 die Einführung dieser Ordnung in
Vorpommern ab. so dass sie in Pommern-Wolgast erst Jahre zur Wirkung kam.
Am 3.2.1618 verstarb Philipp II. in Stettin und dessen Bruder Franz wurde sein Nachfolger. Als auch dieser 1620 starb, kam Bogislaw XIV. an die Regierung.
1625 erfolgte durch ihn die Übernahme der Herrschaft über Pommern-Wolgast, da Philpp kinderlos verstorben war.
Die pommerschen Herzöge waren viel zu friedfertig und zu wenig kriegserfahren, so dass Pommern völlig ungerüstet in den Dreißigjährigen
Krieg (1618-1648) eintrat. Dieser begann 1618 mit dem Prager Fenstersturz, und wurde durch die Gegensätze zwischen Katholiken und Protestanten ausgelöst.
In den ersten Jahren brannten in Norddeutschland die Dörfer, die Bauern der Umgegend bangten um ihre Existenz. Dem kleinem Ort Peenemünde und der
Insel Ruden kam in diesem Krieg eine strategisch wichtige Bedeutung zu, da der Peenestrom zu dieser Zeit der einzige schiffbare Weg zur Oder und damit nach Stettin war.
1622 starb der Pastor Masdorf. An seine Stelle wurde am 3. März 1623 der Pastor Jacob Pitdüel berufen, der bis 1651 in Kröslin verblieb.
Eine große Pestepidemie brach 1624 in Pommern aus und raffte durch katastrophale hygienische Zustände viele Menschen hinweg. Durch
Quarantäne der Betroffenen versuchten die Einwohner die Seuche einzudämmen.
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